申请上海公路工程施工总承包二级资质，您需要遵循一系列步骤并满足特定条件。以下是一般流程和要点：

确认资质标准：

企业净资产应达到4000万元以上。

拥有至少15名公路工程专业的注册建造师。

技术负责人需具备8年以上从事工程施工技术管理工作经历，并持有公路工程相关专业高级职称或公路工程专业一级注册建造师执业资格；同时，拥有不少于50名公路工程相关专业的中级以上职称人员。

现场管理人员不少于15人，包括施工员、安全员、造价员等，并持有岗位证书。

中级工以上的技术工人不少于30人。

准备申请材料：

根据上述资质要求，准备好企业的营业执照副本、公司章程、组织结构说明、注册资金证明、经营财务情况报告等基础文件。

准备好企业资质申请表，以及相关的技术人员的职称证书、身份证复印件、劳动合同等资料。

整理好过往的工程业绩材料，包括项目合同、竣工验收证明等。

提供ISO9000质量体系认证的企业管理体系复印件（如果适用）。

提交申请：

将所有准备好的材料通过上海市住房和城乡建设委员会的官方网站或者指定的线下窗口提交申请。

审核与反馈：

相关部门会对提交的材料进行审核，这可能涉及材料审查、现场核查等环节。

获取资质证书：

审核通过后，企业将获得由上海市住建委颁发的公路交通工程专业承包二级资质证书。

在整个申请过程中，确保所有的申请材料都是准确无误的，并且符合最新的政策和要求。如果有不清楚的地方，可以咨询专业人士或是直接联系相关部门以获得指导。此外，由于政策可能会有所变化，建议在申请前再次核实最新的申请指南和要求。