申请上海水利水电工程施工总承包二级资质的具体步骤如下：

了解资质标准：

企业需要满足特定的条件，如注册资本、社会信誉、法人资格等。

资产要求：企业净资产需达到4000万元以上。

人员配置：包括技术负责人、注册建造师（不少于15人，其中一级注册建造师不少于6人）、中级以上职称人员（不少于30人）以及持有岗位证书的施工现场管理人员（不少于30人）。

准备申请材料：

企业法人营业执照副本复印件。

资质申请表。

组织机构代码证副本复印件（如果适用）。

税务登记证副本复印件（如果适用）。

企业人员资质证明文件，包括但不限于技术负责人的工作经历和职称证明、注册建造师的注册证书、现场管理人员的岗位证书等。

工程业绩证明材料，例如已完成项目的合同、竣工验收报告等。

提交申请：

根据上海市建委的要求，准备好所有必要的文件后，将申请材料提交给相关部门。

提交过程中确保信息准确无误，并缴纳相应的费用。

等待审核：

完成申请提交后，进入审核阶段。期间可能需要配合审核人员提供补充材料或接受现场核查。

审核通过并颁发证书：

若审核通过，企业将获得水利水电工程施工总承包二级资质证书。

保持资质有效性：

在取得资质证书之后，企业需要定期进行资质年审，并维持符合资质标准的各项条件，如资产状况、人员配备、工程业绩等。

在申请过程中，请务必遵守最新的法律法规及政策指导，因为这些可能会随时间而发生变化。如果有疑问，建议咨询专业的法律顾问或资质申请服务机构获取帮助。