在上海办理特种专业承包工程二级资质，通常需要遵循一系列的步骤和满足一定的条件。以下是基于现有信息的一个概括流程：

了解资质标准：

首先要详细了解上海市对特种专业承包工程二级资质的具体要求，包括但不限于企业资产、主要人员配置（如注册建造师、技术负责人等）、工程业绩等方面。

准备所需材料：

根据上述标准准备好所有必要的文件和资料。这可能包括企业的营业执照副本、公司章程、法定代表人身份证明、企业净资产审计报告、主要技术人员的身份证明、职称证书或执业资格证书等。

网上申报与提交纸质材料：

登录上海市相关建设行政主管部门的官方网站进行网上申报，填写并提交电子版的申请表，并上传所需的附件材料。

同时，将纸质材料递交给相关部门，确保资料的真实性、准确性和完整性，并按照要求分类整理以便审核。

接受审核：

相关部门会对您的申请材料进行审查，可能会安排现场考察以核实实际情况是否与申报材料一致。

公示与审批：

审核通过后，会在官方网站上进行公示。如果没有异议或投诉，即可获得相应的资质证书。

领取证书：

审批通过后，携带相关证件到指定地点领取资质证书。

请注意，具体的要求和流程可能会随着政策的变化而有所调整，因此建议在正式申请前咨询当地建设行政主管部门或查阅最新的官方指南以获取最准确的信息。此外，申请过程中应严格遵守相关规定，确保所有提供的信息和材料真实有效。