申请上海机电工程施工总承包资质，可以通过以下方式进行：

确定资质等级：首先根据企业自身的条件（如净资产、技术人员数量和资历、过往业绩等）来确定适合申请的资质等级。

准备材料：依据《建筑业企业资质标准》的要求准备好所需的企业基本资料、人员资料、业绩资料及其他相关资料。这通常包括但不限于：

企业的营业执照副本复印件；

企业章程复印件；

企业法定代表人任职文件、身份证明；

技术负责人身份证明、执业资格证书、职称证书或技能证书；

中级及以上职称人员的身份证明、职称证书；

现场管理人员的身份证明、岗位证书；

技术工人的身份证明、职业培训合格证书或职业技能证书；

企业主要人员的社会保险证明；

工程业绩材料等。

提交申请：

可以通过上海市“一网通办”平台或者市住房城乡建设管理委官网的“企业类办事－本市企业资质申请－建筑业（施工）”入口提交申请。

提交前确保所有信息和材料的真实性和完整性，避免因虚假信息导致审批失败。

审核与公示：提交申请后，相关部门会对材料进行审核，这个过程可能包括对企业实际情况的实地核查。审核通过后，会在官方网站上公示7个工作日。

领取证书：公示期满无异议后，可以按照通知要求领取机电工程施工总承包二级资质证书。

请注意，具体的申请流程和要求可能会随着政策的变化而有所调整，因此建议在申请前咨询官方渠道或专业机构获取最新的指导信息。此外，在申请过程中保持与审批部门的良好沟通也很重要，以便及时了解申请进度并处理可能出现的问题。