申请上海输变电工程专业二级资质需要经过以下程序：

一、准备阶段

1. 了解资质标准：首先需要了解上海输变电工程专业二级资质的标准，包括企业资产、人员、技术设备等方面的要求。

2. 组建申请团队：根据资质标准，组建申请团队，包括企业负责人、技术负责人、财务负责人等。

3. 准备申请材料：按照资质标准的要求，准备申请材料，包括企业营业执照、组织机构代码证、税务登记证、企业章程、财务报表等。

二、申请阶段

1. 提交申请：将准备好的申请材料提交给上海市电力公司或相关政府部门。

2. 接受审查：申请材料提交后，上海市电力公司或相关政府部门会对申请材料进行审查，包括材料完整性、真实性等方面。

3. 现场核查：如果申请材料通过审查，上海市电力公司或相关政府部门会安排现场核查，核实企业的实际情况是否符合资质标准。

三、审核阶段

1. 初审：上海市电力公司或相关政府部门会对申请材料进行初审，包括材料的完整性、真实性等方面。

2. 复审：初审通过后，上海市电力公司或相关政府部门会对申请材料进行复审，包括企业的实际情况是否符合资质标准。

3. 终审：复审通过后，上海市电力公司或相关政府部门会对申请材料进行终审，确定是否给予上海输变电工程专业二级资质。

四、公示与批准阶段

1. 公示：终审通过后，上海市电力公司或相关政府部门会在官方网站上公示申请结果，接受社会监督。

2. 批准：公示无异议后，上海市电力公司或相关政府部门会正式批准上海输变电工程专业二级资质。

以上是申请上海输变电工程专业二级资质需要经过的程序，希望对您有所帮助。