公路工程施工总承包资质分为特级、一级、二级、三级。其中，二级资质标准如下：1. 企业资产：净资产4000万元以上。

2. 企业主要人员：

（1）公路工程专业注册建造师不少于15人。

（2）技术负责人具有8年以上从事工程施工技术管理工作经历，且具有公路工程相关专业高级职称或公路工程专业一级注册建造师执业资格。

（3）公路工程相关专业中级以上职称人员不少于50人。

（4）经考核或培训合格的中级工以上技术工人不少于30人。

3. 企业工程业绩：近10年承担过下列3类工程的施工，工程质量合格。

（1）累计修建四级以上公路路基200公里以上；

（2）累计修建单座桥长≥100米或单跨跨度≥20米的桥梁3座以上；

（3）累计修建单洞长≥100米的隧道2座以上；

（4）具备相应的施工设备及质量检测设备。

办理上海公路工程施工总承包二级资质，需要按照上述标准进行准备，包括企业资产、企业主要人员、企业工程业绩等方面的要求。同时，还需要准备相应的申请材料，包括企业资质申请表、企业法人营业执照、公司章程、企业经审计的近三年的财务决算年报表、企业法定代表人任职文件、企业经理和技术、财务负责人的任职文件及职称证件、企业工程技术和经济管理人员的职称证件等等。

具体办理流程如下：

1. 准备申请材料：根据上述要求，准备相应的申请材料，确保材料的完整性和准确性。

2. 提交申请：将准备好的申请材料提交至上海市交通运输委员会或其委托的初审机构。

3. 审查：初审机构将对申请材料进行审查，核实材料的真实性和完整性。如果材料存在问题，将通知企业进行补正。如果材料合格，将报送至上海市交通运输委员会审批。

4. 审批：上海市交通运输委员会将对申请材料进行审批，并组织专家进行现场核查。如果审批通过，将颁发公路工程施工总承包二级资质证书；如果审批未通过，将告知原因并要求重新申请。

需要注意的是，在办理上海公路工程施工总承包二级资质的过程中，企业需要遵守相关法律法规和规定，确保申请材料的真实性和合法性。同时，也需要加强自身的实力和能力，提高企业的竞争力和市场地位。