准备好申请材料后，企业可以向上海市住房和城乡建设管理委员会提交申请。提交申请时，需要按照要求提供原件和复印件，并缴纳相应的申请费用。提交申请后，企业需要等待审核结果。审核通过后，企业将获得相应的古建筑工程专业承包资质证书。
在办理古建筑工程专业承包资质的过程中，企业需要注意以下几点：
1. 确保申请材料真实有效，不弄虚作假；
2. 认真了解资质标准，确保企业符合要求；
3. 及时关注政策变化，了解最新动态；
4. 积极配合审核部门的审查工作，确保审核顺利通过。