上海铁路工程施工总承包资质的办理流程通常包括以下步骤：
准备申请材料：
- 企业需要收集并整理所有必要的申请材料，这通常包括企业法人营业执照、组织机构代码证、税务登记证、安全生产许可证、质量管理体系认证、环境管理体系认证、职业健康安全管理体系认证、企业财务报表、工程业绩证明、专业技术人员和管理人员的资格证书以及与铁路施工相关的特殊设备清单等。
网上申报：
- 企业应登录中国铁路总公司的官方网站或其他指定平台，按照指引填写资质申请表，并上传所有所需的电子版申请材料。
材料审查：
- 提交申请后，中国铁路总公司或其授权的机构将对申请材料进行初步审查。审查期间可能会要求补充或更正某些信息。
现场核查：
- 材料审查通过后，中国铁路总公司会派遣核查人员对企业进行现场检查，评估企业的实际经营状况、技术能力、设备配置、安全管理措施以及过往项目经验等。
审核批准：
- 现场核查满意后，中国铁路总公司将进行最终审核，如果一切符合规定，企业将被授予铁路工程施工总承包资质证书。
后续维护：
- 获得资质后，企业需要定期更新资质信息，保持资质的有效性，并遵守所有相关法律法规，确保项目执行符合标准。
值得注意的是，整个过程可能相当繁琐且耗时，因此一些企业可能会选择聘请专业的资质代办公司来协助处理这些事务，以提高效率和成功率。此外，资质申请过程中需注意人员的社会保险状况必须合规，这是申请审批中的一个重要考量点。
请记住，上述流程可能随政策变化而调整，因此在实际操作前，建议直接咨询中国铁路总公司或上海当地建设行政主管部门获取最新的指导信息。