在上海如果建筑企业的资质证书丢失，可以按照以下步骤进行补办：
准备资质补办报告：
- 编写一份详细的资质补办报告，说明资质证书丢失的情况。
登报声明：
- 在省级或行业报纸上发布遗失声明，或者在资质许可机关的官方网站上发布遗失声明。
提交申请材料：
- 通常需要准备以下材料：
- 资质补办报告（加盖企业公章）。
- 遗失声明的报纸原件或网页截图。
- 未遗失的资质证书原件及复印件（如果有的话）。
- 《建设工程企业资质变更受理信息采集表》（加盖本单位公章）。
- 《建筑业企业资质证书变更、遗失补办申请审核表》。
- 《营业执照》副本复印件（加盖本单位公章）。
- 建筑业企业资质证书正本或副本的复印件（加盖本单位公章）。
提交至建设行政主管部门：
- 将上述准备好的材料提交给上海市住房和城乡建设委员会或相应的建设行政主管部门。
等待审核：
- 提交材料后，等待主管部门的审核。审核过程中可能需要确认材料的真实性，并可能会要求提供其他补充材料。
领取新证书：
需要注意的是，不同类型的资质证书（如住房和城乡建设部批准的资质）可能有不同的补办流程。例如，如果资质主项是由住房和城乡建设部批准的，补办时还需要提供特定的表格，并需要在地级以上市建设主管部门核对原件。
由于政策可能会有变化，建议您在实际操作前咨询当地建设行政主管部门或查阅最新的官方指南，以确保遵循最新的规定。