在上海，建筑工程企业从二级资质升级到一级资质的过程通常遵循以下步骤：

准备材料：

企业需要准备好一系列申请材料，包括但不限于企业的基本情况、财务状况、人员配备情况、业绩记录等。这些材料需要真实反映企业的现状，并且要符合一级资质的标准。

提交申请：

将准备好的材料提交到所在地（区/县）的住房城乡建设主管部门，由该部门进行初步审查。

初审：

住房城乡建设主管部门会对提交的材料进行审查，如果材料齐全且符合要求，会给予受理，并发出《建设工程施工总承包企业资质申报受理通知书》；如果材料存在问题，则会通知企业补正或不予受理。

现场核查（如有必要）：

初审合格后，可能会有现场核查环节，以核实企业的实际情况是否与提交的材料一致。

上报省级部门：

初审通过后，材料会上报至省级住房城乡建设主管部门进行复审。

复审：

省级部门会进一步审查材料，并对企业的资质进行评估。

上报住建部：

通过省级复审后，材料将被报送至住房和城乡建设部（住建部）进行最终的审核。

公示：

通过住建部的审核后，会在住建部官网上公示一段时间，接受公众监督。

领取证书：

公示期无异议后，企业将获得一级资质证书。

在整个过程中，企业可能还需要支付一定的审批费用，并且整个流程可能需要一定的时间。此外，不同地区可能会有一些差异化的规定，因此具体的操作流程和所需材料可能会有所不同。建议在准备升级资质前，详细咨询当地建设主管部门或访问官方网站获取最新的政策和指南。