上海市政二级总承包资质的迁移（通常指的是资质转让）一般遵循以下流程：

内部审查：

企业首先需要对自身的条件进行内部审查，确保符合资质转让的相关要求，如财务状况、项目经验、技术实力等。

评估与定价：

对拟转让的资质进行市场价值评估，并协商确定转让价格。这一步骤可能需要专业的评估机构来完成。

公示：

在工商局或招标代理机构等指定场所公示转让意向，包括转让的价格、方式等内容。公示的目的是为了增加透明度，防止不正当交易。

备案程序：

向当地行业管理部门提交相关材料，进行资质转让的备案申请。具体的材料清单和程序需根据当地管理部门的规定执行。

法律文件准备：

准备资质转让合同及其他相关法律文件，并可能需要律师的帮助来确保文件的合法性以及保护双方权益。

支付与交接：

双方按照合同约定完成款项支付，并进行必要的交接手续，确保资质转移过程顺利完成。

完成变更登记：

完成上述步骤后，还需要到工商行政管理部门完成变更登记，确保所有法律文件和登记信息反映最新的所有权状态。

其他可能的步骤：

根据具体情况，可能还需要进行税务登记、银行账户信息变更等。

请注意，资质转让的具体流程和要求可能会随着政策的变化而有所调整。因此，在实际操作之前，应当咨询当地建设主管部门或专业法律顾问，确保流程符合最新的法规要求。此外，资质转让涉及复杂的法律和财务事项，建议聘请专业人士进行指导，以避免不必要的法律风险。