申请上海建筑装修装饰工程专业承包二级资质，通常需要遵循以下步骤：

准备阶段

企业基本条件：

企业应具有独立法人资格，并依法取得工商行政管理部门颁发的营业执照。

注册资本不少于1000万元人民币。

具有固定的办公场所和相应的工程技术及经济管理人员。

技术条件：

技术负责人需具备至少5年从事建筑装饰装修工程经历，并持有中级及以上专业技术职称或二级注册建造师（建筑装饰装修工程专业）执业资格。

拥有符合岗位要求的施工员、质量员、安全员等管理人员，并持有相应岗位证书。

业绩条件：

近五年内完成一定规模的建筑装饰装修工程项目，如单项合同额1000万元以上的项目2项或单项合同额500万元以上的住宅或公共建筑装饰装修工程2项。

其他条件：

遵守国家法律法规，无严重违法违规行为记录。

为员工购买社会保险并及时缴纳税款。

建立健全的质量管理体系和安全生产管理体系。

申请流程

准备材料：根据上述条件准备所有必要的文件和证明材料，包括但不限于企业营业执照副本、公司章程、法定代表人身份证明、财务审计报告、人员资格证书等。

提交申请：以法人名义向区县建设行政主管部门提出书面申请。如果区县建设行政主管部门同意，会将申请上报至市住房和城乡建设局。

审核批准：市住房和城乡建设局对企业进行审核，重点审查企业人员、资产、工程业绩等方面是否满足资质标准。审核通过后下发批准文件。

获取证书：审核通过并获得批准文件后，企业可以领取建筑装修装饰工程专业承包二级资质证书。

请确保在申请过程中仔细阅读最新的地方政策和规定，因为具体的要求可能会有所变动。此外，考虑到办理过程中的复杂性和可能遇到的问题，有些企业可能会选择聘请专业的咨询公司来协助处理。