在上海办理河湖整治工程专业承包二级资质时，需要注意以下几个关键点：

1. 企业资产要求：确保企业净资产达到2000万元以上，这是二级资质延续的基本财务要求。需要准备相关的财务审计报告以证明企业的经济实力。

2. 企业主要人员配置：企业应配备足够的专业人员，包括但不限于水利水电工程专业的注册建造师不少于5人，技术负责人等关键岗位人员需满足相应的资格和工作经验要求。确保所有人员的资质证书有效，并且在申请过程中提供他们的详细信息和证明文件。

3. 工程业绩：虽然具体要求可能随政策更新而变化，但通常需要企业提供近几年内完成的相关工程业绩证明，这可能包括承担过的河湖整治工程项目合同、验收报告、质量评价等，以证明企业具有相应的项目实施能力。

4. 材料准备：仔细准备人事材料、业绩材料、资产材料、设备和材料等相关申请文件，确保信息的真实性和完整性。这一步骤非常关键，因为任何遗漏或错误都可能导致审批延误。

5. 申请流程：按照规定的流程操作，通常包括领取营业执照、考取或聘请所需的专业技术人员、准备齐全的申请材料后向相应建设行政主管部门提出申请。在上海，二级资质可能由省级建设厅负责审批。

6. 法律法规遵守：熟悉并遵守最新的建筑市场管理规定、建筑业企业资质管理规定及相关政策，确保申请材料和企业运营符合现行法律法规要求。

7. 持续关注政策变动：建设行业的资质标准和办理流程可能会随政策调整而变化，及时关注住建部、上海市住建委及相关部门的最新公告和通知，确保申请时遵循的是最新标准。

8. 资质代办：如果企业缺乏办理经验或资源，可以考虑委托专业的资质代办机构，但需谨慎选择，确保其合法合规且有成功案例。

在准备和提交申请前，建议直接咨询上海市住房和城乡建设委员会获取最新的官方指南和表格，以保证申请工作的顺利进行。